ปัญหาของวัดพระธรรมกาย ส่วนที่กระทบต่อพระธรรมวินัย สำนักวัดพระธรรมกาย เผยแพร่คำสอนคลาดเคลื่อนไปจากหลักพระพุทธศาสนาหลายประการ เช่น 1. สอนว่านิพพานเป็นอัตตา 2. สอนเรื่องธรรมกายอย่างเป็นภาพนิมิต และให้มีธรรมกาย ที่เป็นตัวตนเป็นอัตตาของพระพุทธเจ้ามาก มายหลายพระองค์ ไปรวมกันอยู่ในอายตน-นิพพาน 3. สอนเรื่องอายตนนิพพาน ให้เข้าใจผิดต่อนิพพาน เหมือนเป็นดินแดนที่จะเข้าสมาธิไปเฝ้าพระพุทธเจ้า ได้ ถึงกับมีพิธีถวายข้าวพระ ที่จะนำข้าวบูชาไปถวายแด่พระพุทธเจ้าในอายตนนิพพานนั้น คำสอนเหล่านี้ ทางสำนักสายวัดพระธรรมกายคิดขึ้นใหม่ เป็นของนอกธรรมนอกวินัยของพระพุทธเจ้า แต่แทนที่จะสอนไปตามตรงว่าเป็นลัทธิของครูอาจารย์ ทางวัดพระธรรมกายกลับพยายามนำเอาคำสอนใหม่ของ ตนเข้าใส่แทนที่หลักคำสอนเดิมที่แท้ของพระพุทธศาสนา ยิ่งกว่านั้น เพื่อหาทางให้ลัทธิของตนเข้าแทนที่พระธรรมวินัยได้สำเร็จ สำนักวัดพระธรรมกายยังได้เผย แพร่เอกสาร ที่จ้วงจาบพระธรรมวินัย ชักจูงให้คนเข้าใจผิด สับสน หรือแม้แต่ลบหลู่พระไตรปิฎกบาลี ที่เป็นหลัก ของพระพุทธศาสนาเถรวาท เช่น - ให้เข้าใจว่าพระไตรปิฎกบาลี บันทึกคำสอนไว้ตกหล่น หรือมีฐานะเป็นเพียงความคิดเห็นอย่างหนึ่ง เชื่อ ถือหรือใช้เป็นมาตรฐานไม่ได้ - ให้นำเอาพระไตรปิฎกฉบับอื่นๆ เช่น พระไตรปิฎกภาษาจีน และคำสอนอื่นๆ ภายนอกมาร่วมวินิจฉัย พระพุทธศาสนาเถรวาท - ให้เข้าใจเขวไปว่าหลักการของพระพุทธศาสนาเป็นเรื่องอภิปรัชญา ขึ้นต่อการตีความ และความคิดเห็น ตลอดจนการถกเถียงทางวิชาการ - อ้างนักวิชาการต่างประเทศ และการปฏิบัติของตน ดังว่าจะใช้วินิจฉัยหลักพระพุทธศาสนาได้ ฯลฯ อีกทั้งสิ่งที่ยกมาอ้าง เช่น คัมภีร์ของมหายาน และทัศนะของนักวิชาการตะวันตก ก็ไม่ตรงตามความ เป็นจริง หรือไม่ก็เลื่อนลอย นอกจากนั้น ยังนำคำว่า "บุญ" มาใช้ในลักษณะที่ชักจูงประชาชนให้วนเวียนจมอยู่กับการบริจาค ทรัพย์ เพื่อวัตถุประสงค์ต่างๆ ชนิดที่ส่งเสริมความยึดติดถือมั่นในตัวตนและในตัวบุคคล อันอาจกลายเป็นแนว โน้มที่บั่นรอนสังคมไทยในระยะยาว พร้อมทั้งทำพระธรรมวินัยให้ลางเลือนไปด้วย พฤติการณ์ของสำนักวัดพระธรรมกายอย่างนี้ เป็นการจาบจ้วง ลบหลู่ ย่ำยีพระธรรมวินัย สร้างความ สับสนไขว้เขวและความหลงผิดแก่ประชาชน ข้อความบรรยายต่อไปนี้ ได้เขียนไว้เพื่อเป็นทางแห่งการศึกษา ให้เกิดความเข้าใจที่ถูกต้อง พร้อมทั้งเป็นเหมือนคำขอร้องต่อชาววัดพระธรรมกาย ผู้ยังเห็นแก่พระพุทธศาสนา เมื่อรู้เข้าใจแล้ว จะได้หันมา ร่วมกันทำบุญที่ยิ่งใหญ่ และสนองพระคุณบรรพบุรุษไทย ด้วยการรักษาพระธรรมวินัยให้บริสุทธิ์สืบไป