ถึงแม้มีความเพียร แต่เพราะขาดกำลังและประสบการณ์ พระไตรปิฎกอักษรโรมัน จึงลักลั่นไม่เป็นระบบ คัมภีร์ที่ Pali Text Society พิมพ์ออกมา นอกจากไม่เป็นลำดับ และไม่ครบถ้วนแล้ว คัมภีร์ไหนมีคนใช้ น้อย พิมพ์ออกมาแล้วนานๆ พอหมดไปก็ต้องปล่อยให้ขาดคราว หาได้ยาก และก็ไม่มีระบบรวมเป็นชุด เช่นพระ สูตรนิกายหนึ่งๆ ก็แยกออกมา จัดเป็นชุดเฉพาะนิกายนั้นๆ โดยเฉพาะนิกายย่อยคือ ขุททกนิกาย กระจัดกระจาย มาก นอกจากนั้น เมื่อเขาทำไปก็จึงได้เรียนรู้ไป บางอย่างเกิดเป็นปัญหาขึ้นก็แก้ไขไม่ได้ ยกตัวอย่างเช่น พระสุตตันตปิฎก มัชฌิมนิกาย ซึ่งมีอยู่ 3 หมวด (3 ปัณณาสก์) ตามปรกติก็ย่อมแบ่ง เป็น 3 เล่ม เช่นในพระไตรปิฎกบาลีอักษรไทยก็คือเล่ม 12-13-14 แต่ฉบับ Pali Text Society เมื่อจะพิมพ์ ไม่ได้ วางแผนให้ดี หรือคิดพลาดไป ปรากฎว่ามัชฌิมนิกายเล่ม 1 รวมเอาหมวดแรกจบแล้วยังเกินเข้าไปหมวด 2 ด้วย แต่ก็ไม่จบ ได้ราวครึ่งเดียว เลยกลายเป็นว่ามัชฌิมนิกาย หมวด 2 คือมัชฌิมปัณณาสก์เข้าไปอยู่ในเล่ม 1 เสีย เกือบครึ่ง ส่วนที่เหลืออยู่พอพิมพ์เป็นเล่ม 2 ก็กลายเป็นเล่มเล็กๆ บางๆ ต่อมาเมื่อ Pali Text Society พิมพ์ฉบับแปลภาษาอังกฤษ ได้รู้ความบกพร่องนี้ ก็เลยจัดแยกเล่มของ ฉบับแปล ให้ตรงกับที่นิยมกันทั่วไป เป็นเหตุให้พระไตรปิฎกฉบับ Pali Text Society ฉบับบาลีกับฉบับแปลภาษา อังกฤษไม่ตรงกัน คือฉบับแปลภาษาอังกฤษซึ่่งเป็นภาค 2 เมื่อจะดูภาษาบาลี ก็กลายไปอยู่ในเล่ม 1 ครึ่งเล่ม และอยู่ในเล่ม 2 อีกครึ่งเล่ม กลายเป็นความลักลั่น อีกตัวอย่างหนึ่ง เมื่อจะพิมพ์พระวินัยปิฎกภาษาบาลี ตอนแรกคงคิดว่าจะจัดลำดับเล่มอย่างไรดี แล้วก็ ไม่ได้ดำเนินตามแบบแผนของการจัดแบ่งคัมภีร์ที่มีมาแต่เดิม คงจะเห็นว่าวินัยปิฎก ตอนมหาวรรค (ของไทยได้ แก่เล่ม 4) มีเรื่องในพุทธประวัติหลังตรัสรู้ใหม่ ก่อนจะตั้งพระศาสนา ก็เลยเอาเล่ม 4 อย่างของเรานี้ไปจัดเป็นเล่ม 1 เสร็จแล้วเล่ม 1 อย่างฉบับของไทยก็กลายเป็นเล่ม 3 ของฉบับ Pali Text Society แต่ต่อมาเมื่อจะพิมพ์ฉบับ แปลภาษาอังกฤษ คงเห็นว่าที่ตนทำไปตอนพิมพ์พระวินัยปิฎกบาลีนั้น ไม่ถูกต้อง ควรจะทำตามวิธีจัดแบ่งที่มีมา แต่เดิม ก็เลยจัดลำดับเล่มของฉบับแปลใหม่ ทำให้พระวินัยปิฎกฉบับแปลภาษาอังกฤษของ Pali Text Society มีลำดับเล่มตรงตามแบบคล้ายของไทย แล้วก็กลายเป็นว่าพระไตรปิฎกบาลีส่วนวินัยปิฎกของ Pali Text Society ฉบับต้นเดิมภาษาบาลี กับฉบับแปลเป็นภาษาอังกฤษของตนเองนั้น ลำดับเล่มลักลั่นไม่ตรงกัน ส่วนฉบับภาษาบาลีที่จัดลำดับผิดไปนั้น ไม่ว่าจะเป็นมัชฌิมนิกายก็ตาม เป็นวินัยปิฎกก็ตาม จะจัด ลำดับเล่มใหม่ก็ทำไม่ได้ เพราะว่าหนังสือนั้นถูกใช้อ้างอิงกันไปมากแล้ว ถ้าพิมพ์ใหม่หลักฐานที่อ้างอิงกันไว้เดิม ก็มาค้นหาไม่ได้ ก็จะสับสนวุ่นวาย จึงต้องปล่อยไปอย่างนั้น ยิ่งขุททกนิกายด้วยแล้ว ก็วุ่นวายไปหมด คือไม่มีระบบ ต้องแยกพิมพ์เป็นเล่มๆ บางเล่มก็พิมพ์รวมกัน ไปทั้งบาลีในพระไตรปิฎกและอรรถกถา โดยเฉพาะบางเล่มเวลาอ้างจะยุ่งยากหรือปนเป ตัวอย่างเช่น คัมภีร์ ชาดก (Jataka) ซึ่งรวมกัน แยกไม่ออกระหว่างชาดกที่มาในพระบาลีคือในพระไตรปิฎกแท้ๆ กับส่วนที่เป็นอรรถ กถา